Бюджет Фонда сформирован с учетом включения в территориальную программу обязательного медицинского страхования средств на текущее содержание медицинских организаций, работающих в системе обязательного медицинского страхования, за исключением капитальных вложений, капитального ремонта и приобретения дорогостоящего оборудования свыше 100,0 тыс. рублей, а также с учетом финансового обеспечения скорой медицинской помощи, мероприятий по дополнительной диспансеризации работающих граждан, диспансеризации пребывающих в стационарных учреждениях детей-сирот и детей, находящихся в трудной жизненной ситуации, и осуществления денежных выплат медицинским работникам первичного звена.
Доходы и расходы бюджета Фонда сбалансированы. На 2013 год финансовые параметры бюджета Фонда составят 16,1 млрд. рублей, на 2014 год – 18,2 млрд. рублей, на 2015 год – 23,0 млрд. рублей.