В 1999 году по просьбе настоятельницы Знаменского женского монастыря проектная группа НПЦ «Наследие» безвозмездно выполнила проект «Воссоздание памятника культового зодчества «Знаменская церковь». Проектными решениями было предусмотрено восстановление куполов и колокольни.
23 мая 2009 года на здание церкви, где сейчас находится Знаменский женский монастырь, был поднят главный купол и крест. А в 2010 году начаты работы по воссозданию утраченной в 1939 году колокольни.
В краевом управлении по культуре и архивному делу отметили, что первая деревянная церковь на месте будущего Знаменского храма освящена 24 июня 1754 года во имя святых Захария и Елисаветы. В 1856 году утвержден проект каменной церкви с приделами во имя иконы Знамения Божией Матери, святых и праведных Захария и Елисаветы и святителя Николая Чудотворца, архиепископа Мирликийского. В 1858 году на пожертвования верующих был построен величественный храм в византийском стиле с трехъярусной колокольней с 12 колоколами. Церковь стала украшением Сенной площади города. В апреле 1939 года церковь закрыта, разрушены купол и колокольня, и в здании сначала разместился архив НКВД, затем Барнаульское архивное бюро, а позже его переименовали в Государственный архив Алтайского края. В 1992 году здание храма возвращено православной церкви.
Торжественное открытие восстановленной колокольни на здании Знаменской церкви (г. Барнаул, ул. Большая Олонская, 24) состоится сегодня, 19 января, в 12 часов 30 минут.