Для обеспечения защиты окружающей среды в ремонтном локомотивном депо Барнаул и мотор-вагонном депо Алтайская работают локальные очистные сооружения для очистки промышленных сточных вод. Кроме того, на предприятиях Алтайского отделения Западно-Сибирской железной дороги действует 28 пылегазоочистных установок.
В минувшем году реализация экологической стратегии ОАО «РЖД» на Алтайском отделении ЗСЖД позволила сократить на 12,8% (или на 2,170 тыс. тонн) количество отходов производства и потребления по отношению к уровню 2008 года.
Реализуемые железнодорожниками Алтайского отделения ЗСЖД меры экологической защиты позволили снизить на 7% выбросы в атмосферный воздух от стационарных источников и на 22,3% от передвижных.