С 3.02.2009 по 25.03.2009 еженедельно авиакомпания «Якутские авиалинии» будет осуществлять перелеты по маршруту Москва (Внуково)-Новосибирск-Магадан. Из Москвы рейс отправляется по вторникам, в 21-50 час., из Новосибирска в Магадан – по вторникам, в 23-20 час. Из Магадана в Новосибирск вылет осуществляется по средам, в 11-50 час, из Новосибирска в Москву - по средам, в 13-20 час. На маршрутах перелеты осуществляются на Boeing-752 вместимостью около 200 пассажиров.
Авиакомпания «Уральские авиалинии» с 16.02.2009 по 23.03.2009 начинает полеты по маршруту Красноярск-Новосибирск-Самара, с вылетом из Новосибирска в Самару по понедельникам, в 07-55 час.
Кроме того, «Уральские авиалинии» с 18.02.2009 открывают маршрут Новосибирск-Самара и Самара--Новосибирск-Красноярск. Из Толмачево в Самару вылет назначен на 23-40 час., по средам. Обратный рейс отправляется по четвергам, в 07-20 час., с отправкой из Новосибирска в Красноярск в 09-00 час.
Этой же авиакомпанией с 16.02.2009 по 25.03.2009 по понедельникам будут осуществляться перелеты Новосибирск-Екатеринбург и по средам -- Екатеринбург-Новосибирск. В Екатеринбург пассажиры смогут вылететь в 17-45 час., в Новосибирск – в 22-10 час.
«Уральскими авиалиниями» с 02.03.2009 по 28.03.2009 можно будет отправиться в Москву: ежедневно, с вылетом из Москвы в 03-50 час., из Новосибирска – в 06-40 час. Все новые рейсы из Толмачево авиакомпания осуществляет на Airbus-320 вместимостью около 160 человек.
С 01.02.2009 авиакомпания «Аэрофлот» приостанавливает рейсы по маршруту Новосибирск – Магадан – Новосибирск.
