Установлен Постановлением Правительства Кыргызской Республики от 15 февраля 2006 г. № 98, в целях формирования и обеспечения преемственности традиций таможенной службы Кыргызской Республики.
Своим Указом от 31 декабря 1991 года президент Кыргызской Республики Аскар Акаев «Об образовании Государственной таможенной инспекции Республики Кыргызстан» положил начало таможенной политике и таможенному делу суверенной Кыргызской Республики. В настоящее время Государственная таможенная инспекция при Правительстве Кыргызской республики преобразована в Государственный таможенный комитет Кыргызской Республики.
Таможенный комитет Кыргызской Республики с каждым днем играет все более значительную роль в формировании новых рыночных отношений, защите экономического суверенитета и экономической безопасности государства, активизации связи кыргызской экономики с мировым хозяйством, обеспечении защиты прав граждан, хозяйствующих субъектов и государственных органов и соблюдения ими обязанностей в области таможенного дела.
